Empezó su carrera en el mercado español en Penthouse Comix, después trabajó el la trilogía colectiva de BullDamn City para Dolmen Editorial.
También para Dolmen, dibujo y guionizó Guerreros Urbanos (granando los premios de autor revelación y mejor obra en las votaciones del público del Saló del Cómic de Barcelona), Parody Sex y dibujó Ragnarök con guión de Victor Santos. También junto a Victor publicó La Sangre de las Valkirias y El Lobo Sobre el Mar de las Bestias para Planeta. Volvió como autor completo en Shaolin Mutants para Aleta Ediciones.

El primer trabajo de Pere Pérez en cómics estadounidenses fue Twilight Crusade: Templar para Moonstone Books. Después de eso, trabajaría en Dragonlance Chronicles para Devil's Due y Savage Tales y Army of Darkness para Dynamite. Su primer trabajo para DC Comics fue Adventure Comics con The Guardian. Al pasar a Marvel, trabajó en New Avengers (AAFES): An Army of One y Marvel Adv. Fantastic Four. Pere regresó a DC con cómics como Superman, Action Comics Annual, Superman Secret Files 2009 y una etapa en Action Comics. Después de dibujar a lápiz Batgirl #10, 12 y 13, y el número del mismo personaje de Bruce Wayne: The Road Home, Pere colaboró en Batman: El regreso de Bruce Wayne, siendo el dibujante recurrente de Batgirl hasta que el cómic fue sustituido por su versión de los Nuevos 52. Después de dibujar el primer arco de Smallville: Temporada 11: Guardian. Continuación oficial de la exitosa serie de televisión, Pere trabajó en Batwoman y en el Detective Comics Annual. En Valiant, trabajó en libros como Archer & Armstrong o la serie regular de Faith, libros que le valieron la nominación a un premio Harvey y un Eisner, respectivamente.

Pere volvió a Marvel, donde es artista exclusivo, hace unos años. En Marvel ha dibujado Deadpool Vs Punisher, la miniserie de Rogue & Gambit, X-Men Gold, el relanzamiento de Uncanny X-Men, War of the Realms: X-Men, el Anual de Ghost Spider, Friendly Neighborhood Spiderman, Venom, TODOS los números de la aclamada serie de SpiderWoman, Valkyrie, Star Wars: Sana Starros, Iron Cat y el Asombroso Spider-Rex. Tras terminar Carnage, la miniserie de la TVA y Spider-Man: Torn, Pere está trabajando actualmente en la nueva serie Spider-versity.